三格式化糞池是由三個相互連通的密封糞池組成，糞便由進糞管進入第一池依次順流到第三池。中間由過糞管聯通，主要是利用厭氧發酵、中層過糞和寄生蟲卵比重大于一般混合液比重而易于沉淀的原理，糞便在池內經過 30天以上的發酵分解，中層糞液依次由1池流至3池，以達到沉淀或殺滅糞便中寄生蟲卵和腸道致病菌的目的，第3池糞液成為優質化肥。

三格化糞池分為三大部分，為隔艙板上下錯層設計，污水環流式流動，污水處理能力比同等容積的傳統化糞池至少提高二倍以上。
一、沉淀腐化區
對生活污水進行沉淀，比重大的物質沉入池底進行化糞處理，比重小的部分浮于水面上層，可從清理口撈出，同時廢水產生化糞作用，使一部分結構復雜的難分解的有機物被降解為易分解的物質。
二、隔板區
將直流水轉成環流水，增加污水在池體內的滯留時間，使污水在池內與沉淀污泥的接觸時間更長，產生更多的微生物，對污水進行分解吞食。
三、過濾器處理區
采用國內外先進的生物膜法處理技術，經過一定時間培育，大量微生物在過濾器表面繁殖形成生物膜，污水與過濾器表面的生物膜接觸，有機物被微生物截留、吸附和分解，實現對污水凈化處理。